Die Varroa-Milbe schädigt Honigbienen doppelt: Nicht nur durch die negativen Auswirkungen der Milbe selbst, sondern weil Varroa-infizierte Bienenvölker eine höhere Belastung mit schädlichen Viren aufweisen als nicht-infizierte Völker.

Varroa-Milben sind ein wesentlicher Grund für die Sterblichkeit von Honigbienen-Völkern. Ein wichtiger Mechanismus, durch den Honigbienen ihre Resistenz gegen diese Milbe erhöhen, ist eine unterdrückte Milben-Reproduktion. Dieses Merkmal beschreibt die physiologische Unfähigkeit von Milben, lebensfähige Nachkommen zu produzieren. Zurückliegende Untersuchungen weisen auf acht genomischen Varianten hin, anhand derer sich entsprechende Honigbienen ermitteln lassen.

Der typische Fall des Wechsels eines Parasiten auf einen neuen Wirt, ohne eine gemeinsame Koevolution von Wirt und Parasit, liegt bei der Westlichen Honigbienen und der Varroa-Milbe vor.
Die Milbe wechselte mithilfe des Menschen von der Östlichen Honigbienen auf die Westliche Honigbiene. Seither stellt die Varroa-Milbe oder die von ihr begünstigten Krankheiten eine Bedrohung für die meisten Völker der Westlichen Honigbiene dar.

Mehrere Studien haben Hinweise dazu geliefert, dass verdeckte Stressoren zum Sterben von Bienenvölkern beitragen. In einer Studie wurde mithilfe RFID-Technologie gezeigt, dass verdeckte Infektionen mit dem Flügeldeformationsvirus bei erwachsenen Honigbienen ernsthafte Auswirkungen auf das langfristige Sammelverhalten und Überleben unter natürlichen Bedingungen haben.